یکی از خانوداه های اشراف زاده انگلیس، فانتوم هایو، سرپیشخدمتی به نام سباستین مایکلز دارند. او بدون شک دارای دانش کامل، رفتارهای بی نقص و استعداد هنرهای جسمانی است. اما بنا به دلایلی، وی به عنوان استادی ۱۲ ساله انجام وظیفه می کند.
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضايي‌ها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآورده‌اند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از سامورايي‌هاي شکست‌خورده را با تصميم سختي رو‌به‌رو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آينده‌شان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق مي‌کند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، مي‌پذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازه‌ي کافي باشد. اما ...
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...
